หลังจากภาค 2 ได้รับประสบความสำเร็จจากการวางจำหน่ายวิดีโอเกมโดยได้มีตัวละครลับจากภาค 2 ที่มีชื่อว่าฮิเดะ นาคาตะ ซึ่งเป็นต้นแบบของ ฮิเดะโตชิ นาคาตะ อดีตมิดฟิลด์ทีมชาติญี่ปุ่น เพิ่มเข้ามาอยู่ในเกมและมีบทบาทในภาคนี้

ในภาคนี้ได้จัดจำหน่ายแบบแยกเวอร์ชันอีกครั้งโดยใช้ชื่อว่า สปาร์ก และ บอมเบอร์ โดยจุดแตกต่างคือศัตรูที่ปรากฏตัวในภาคนี้จะอยู่ตลับละ 2 เวอร์ชันด้วยกันซึ่งแต่ละเวอร์ชันจะมีจุดแตกต่างด้วยกันดังนี้

เวอร์ชันสปาร์กดำเนินตามเนื้อเรื่องของฟิดิโอ้ มีแกรนด์เฟนรีล (グランフェンリル) เป็นท่าไม้ตายลับสุดยอด และเวอร์ชันบอมเบอร์ดำเนินตามเนื้อเรื่องของโลโคโค่ มีแกรนด์ไฟเออร์ (グランドファイア) ซึ่งเป็นท่าเล่นประสานของโกเอนจิ โทระมารุ และฮิโรโตะ เป็นท่าไม้ตายลับสุดยอด

ทีมลับของเวอร์ชันสปาร์กคือเซน (セイン) จากทีมสาวกศักดิ์สิทธิ์แห่งแดนสวรรค์ (天空の使徒) และทีมลับของเวอร์ชันบอมเบอร์คือเดสต้า (デスタ) จากทีมกองทัพทหารโลกปีศาจ Z (魔界軍団Z)

จุดพิเศษของภาคนี้คือสามารถเชื่อมต่อกับภาค 2 โดยถูกใช้ชื่อว่า 2→3 ซูเปอร์ลิงก์ โดยเป็นการย้ายนักเตะที่เข้าร่วมทีมจากภาคก่อนมาอยู่ในภาคนี้อีกด้วย

โดยตัวเกมนี้มีตัวละครมากกว่า 2000 คน และท่าไม้ตายต่างๆมากกว่า 300 ท่า

ในส่วนของเวอร์ชัน ดิ โอเกอร์ ได้เพิ่มดำเนินเนื้อเรื่องตามภาพยนตร์ นักเตะแข้งสายฟ้า เดอะมูฟวี่ ภาคปะทะโอเกอร์กองทัพสุดแกร่งปรากฏกาย โดยดำเนินเนื้อหาก่อนที่ทีมโอเกอร์เข้าในยุคฟุตบอลฟรอนเทียร์ นอกจากนี้ได้เพิ่มตัวละครใหม่ในเกมเป็น 2200 คนและสามารถลิงก์จากเวอร์ชัน สปาร์ก และ บอมเบอร์ ได้